Samstag, 27. August 2011

BOINC+AutoDock+Debian ... Walk-Through für eigene BOINC Projekte

Es ist ja ein wenig frustig. Die Anzahl der BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) Installationen stagniert. Die Projekte verzeichnen allesamt einen Rückgang der Teilnehmerzahl (boincstats.com). Woran das liegt? Vielleicht an einer zunehmenden Anzahl von laptops? Die Rechenleistung steigt zwar weiterhin, aber wegen der technischen Entwicklung.

Für Rechencluster, die eine übersichtliche Menge von sich regelmäßig verbesserten Anwendungen nutzen, ist BOINC einer super Alternative sogar zu regulären batch systems wie Torque oder die Sun Grid Engine. Schliesslich muss man sich nach einer initialen Installation von BOINC um nichts mehr kümmern. Updates und Architektur-Abhängigkeiten lösen Server und Client alleine. Und dies macht BOINC auch für diejenigen interessant, die gar keine eigene Recheninfrastrukur haben.

Auf wiki.debian.org/BOINC/ServerGuide gibt es nun eine recht komplette Einführung in die Nutzung von BOINC mit sogenannten legacy Anwendungen. Gemeint sind damit solche, die von dem BOINC API nichts wissen. Man benötigt hierfür einen Wrapper. Neben den Beispielprogrammen haben wir (mein 2011 Google Summer of Code Student Dhananjay und ich) insbesondere das molekulare Docking als biochemische Anwendung im Auge gehabt. Wie verständlich ist das ganze? Es sollte von einem versierten Schüler oder einem Informatik Studi in den ersten Semestern alles hinzubekommen sein. Kommentare bitte hierher, direkt an die Wiki Seite oder an mich. Danke.

Samstag, 13. August 2011

Bioinformatik Hardware

Die Sequenz-Bioinformatik sah bereits in den späten 90ern, als 12 CPUs in einer Maschine noch etwas Besonderes waren und wegen 80 GB Festplattenplatz man in Aufregung verfiel, den direkten Support durch sündhaft teure aber sehr schnelle Hardware. Das waren entweder ASICs oder FPGAs. Seit damals gibt es
 TimeLogic
 ParaCell
und neu dazu sind gekommen
 StoneRidge
 SciEngines (aus Kiel)
 AcceleratedDataConcepts (auch in der Struktur-Bioinformatik aktiv)
 CLCbio (aus Aarhus, kümmern sich liebevoll um den Biologen als Ganzes)
 Convey
 die vergessenen trage ich nach ...
Das buzzword dazu ist "application acceleration".  Die Konkurrenz zu den FPGAs sind die GPUs, von denen man meint, sie ja sowieso schon mitgekauft zu haben.

Nun, die FPGA Programmierung will ich lange schon erlernen. Mich hat bislang vor einer entsprechenden Investition insbesondere meiner Zeit gerettet, dass beinahe alles in dieser Richtung mit Windows geschieht. Und Windows habe ich nicht. Der Linux support bessert sich allerdings allmählich. Tatsächlich bietet insbesondere Xilinx seit langem auch eine Linux-Variante ihrer Entwicklungsumgebung an [1,2]. Ich sollte auch die OpenGraphicsCard und die drumherum erhältlichen Software tools erwähnen [3].

Aber wenn man Logiken auf den FPGAs programmiert, so will man die sich auch mit einem logic analyser betrachten können. Und wer da Consors oder ELV aufschlägt, findet nichts mit Linux. Aber nun passierten zwei Dinge:
  • beim doodlen im web stieß ich auf den Open Workbench Logic Sniffer, den Logic Analyser als Open Source Projekt für 50 Dollar [4]
  • bei der Suche nach FPGA und Linux bei Ebay fand ich ein Angebot von der ZTEX GmbH [5]
Nun. Den Logic Analyser habe ich gleich bestellt. Nach vier Wochen oder so war der dann auch da. Und hättte ich genauer gelesen, hätte ich auch gleich die Kabel dazubestellt. Die waren dann etwas schneller.  Die Software dazu habe ich dann auch gleich für Debian gepackt [6]. Funktionierte ... aber spannende Signale, hm, die bekäme ich vom FPGA.

Von ZTEX wurde ich hervorragend beraten. Die verticken nicht nur, die entwickeln auch. Und freundlich sind sie zudem noch, geben gar Rabatte für Open Source Entwickler. Im Herbst, wenn die Sonne abends nicht mehr scheint, soll mein Einstieg in die FPGA Welt stattfinden.

[1] http://www.linuxjournal.com/article/6857
[2] http://xilinx.wikidot.com/
[3] http://wiki.opengraphics.org
[4] http://www.seeedstudio.com/depot/open-workbench-logic-sniffer-p-612.html
[5] http://www.ztex.de
[6] http://packages.qa.debian.org/s/sump-logicanalyzer.html