Mittwoch, 30. November 2011

Debian Med und Bio-Linux veranstalten einen gemeinsamen "Sprint" fuer ein gemeinsames Lösen von bekannten Problemen und dem Beschreiben von neuen. Unsere Veranstaltungsseite ist http://wiki.debian.org/DebianMed/Meeting/Southport2012. Wir sind schon mehr oder minder "voll" wie in "der Frühstücksraum des Hotels fasst nicht mehr Leute". Aber 2-3 können wohl noch kommen.

Dieses Jahr findet insbesondere auch ein ganztägiges Tutorial durch die Firma SciEngines zum FPGA computing statt. Das wird richtig spannend, denke ich. Die Kunst wird sein, die Community von dem Gewinn durch FPGA acceleration zu überzeugen. Wenn alles gut läuft, so kommt damit die dann auf bislang ungedachte Ideen und die Technologie erlebt einen ähnlichen Höhenflug wie aktuell die OpenCL oder CUDA GPU Programmierung. Nur noch schneller soll es bitte sein. Und ganz sicher wird es deutlichst energieeffizienter. Ich bin mir nicht so ganz supersicher, dass programmierte hardware more tangible ist als Software - vielleicht ein wenig. Ich freue mich jedenfalls - auf das Tutorial und einen allgemeinen Trend zur Beschleunigung über die CPU-eigene hinaus.

Ansonsten wird der Sprint einige Leute zusammenführen, die bislang noch nicht so lang so eng zusammensaßen. Wir haben insbesondere eine recht dicht gepackte Skill-Liste zusammen von der Sequenz-Bioinformatik in Reinstform über alle Graustufen bis hin zur Struktur-Bioinformatik. Wir haben viel davon nun bereits in Debian - so etwa Ensembl, Jalview und die tools von PredictProtein. STRAP und genometools.org schaffen wir vielleicht nicht rechtzeitig bis zum Sprint, aber wohl fast. Auch in Richtung Systembiologie wird einiges geschenen. Aber ein erreichbareres Ziel ist vielleicht zunaechst eine Integration dieser Neuankömmlinge mit dem Workflow Tool Taverna.

Mein besonderer Dank gilt denjenigen, die die Amazon links nutzten. Das vergangene Jahr brachte insgesamt 29 Euro - und davon sind 6,90 von unserem Hundefutter und irgendwer hat offenbar allein im September richtig viel über den Link bestellt. Ich werde diesen Betrag zur Unterstützung des Sprints verwenden. An Gelegenheit dazu wird es nicht fehlen.