Medizinisch-/Bioinformatisches Rechnen mit Amazon

Eigentlich müsste der Titel dieses Eintrags ja "beliebiges Rechnen" mit Amazon heißen, doch dann wäre hierfür ja kein Platz in diesem Blog. Ich machte mir selber das Weihnachtsgeschenk, Amazons Elastic Compute Cloud (EC2) einmal selber auszuprobieren. Hierzu erstellte ich ein Debian Chroot mit den Paketen aus Debian-Med, verwandelte es mit einer bei LinuxConfig.org gefundenen Anleitung in ein Amazon Machine Image (AMI), und konnte mich erfolgreich in dessen Instanz einloggen.

Das klappte derart problemlos, dass ich nun noch ein wenig sprachlos bin. Bei alestic.com, organisiert in google groups (für Debian und Ubuntu), tummelt sich eine lebhafte Community für die Nutzung von Amazon's services durch und mit Debian/Ubuntu. Das dort vorgestellte Build script (ec2ubuntu-build-ami.notlong.com) ist auch noch eine Runde besser als das von LinuxConfig.org beschriebene Vorgehen.

Die Herausforderung ist nun, das Debian-Med AMI sowohl mit den biologischen Daten kompatibel zu wissen, die Amazon bereits kostenlos anbietet, als auch eine Parallelisierung der jobs darauf zu verwirklichen. Schließlich ist die so grosse compute power das, weswegen wir diese Amazon-Rechner uns wünschen. Und wir möchten nicht gern jedes mal die fehlenden Pakete darauf installieren, wenn wir mehrere 100 Instanzen gleichzeitig starten. Mal umhören, wie dies die anderen alle so lösen.