Dockian

Besonders "tangible" sind Protein-Strukturen. Debian (und bald auch Ubuntu) bietet nun einen Satz von Paketen an zu einer Entwicklungs aus dem kalifornischen Scripps Institut, "AutoDock" mitsamt der "AutoDockTools", die die Stärke und Lokalisation der Bindung eher kleinerer beweglicher chemischer Substanzen zu eher großen unflexiblen simulieren.

Die Installation dieser Software war bislang eher diffizil. Die nun verfügbaren Pakete sollten die Adaption dieser Programme in der Community der Molekularbiologen und Biochemiker vorantreiben. Man darf gespannt sein. Mehr steht auf http://wiki.debian.org/AutoDock. Die PopCon-Statistiken von Ubuntu+Debian berichten von zusammen einer kleinen dreistelligen Anzahl von Installationen.

Eine nicht unwesentliche Motivation zur Paketierung von AutoDock ist die dadurch vereinheitlichte Installation auf den verschiedensten UNIX/Linux Platformen. Fehler können so besser lokalisiert werden. Aber es könne auch Programme zur Vorbereitung oder Auswertung des Dockings leichter erstellt werden. Damit wird AutoDock auch direkt auf den verschiedenen Grid Platformen einsetzbar. Da jeder Ligand einzeln betrachtet werden kann, bedarf es auch keiner Anstrengung für eine parallele Abarbeitung. Bei Interesse bitte dasselbige kundtun auf der Diskussions-Liste des NorduGrid.