Apibaso Datensatz nun bei Flattr bekanntgegeben

Man fühlt eine gewisse Blamage, wenn sich (so wie bislang nach 5 Stunden) nicht eine Seele für seinen Datensatz interessiert. Jedenfalls könnt Ihr mir nun via Flattr.com ein paar Pfennige zukommen lassen. Dazu müsstet Ihr nur erklären, dass Euch mein Datensatz zu apikal-basolateral unterschiedlich verteilten Membranproteinen gefällt.



Wie Ihr vielleicht ahnt, freue ich mich über die Anzahl von Eyeballs wohl noch mehr als über die eh nicht allzu üppig zu erwartenden Euro.

Ungenutzte Idle time der Wissenschaft spenden

Inzwischen haben aktuelle Prozessoren alle so viel power, dass wir alle davon wenigstens während der üblichen Bürotätigkeiten den weit überwiegenden Teil davon entbehren können. Wenn also noch etwas im Hintergrund mitläuft, so merken wir dies gar nicht.

Mit BOINC (boinc.berkeley.edu) wird einem die Suche nach einem an der eigenen CPU interessierten Wissenschaftlers abgenommen. Debian gestaltet die Installation besonders einfach, d.h. mit
apt-get install boinc und dann boincmgr kann man spielend leicht Teil eines solchen internationalen Projektes werden. Ich selber helfe dem BOINC Projekt www.worldcommunitygrid.org und darin FightAids@Home des Scripps Institutes in Kaliformien - na klar, schliesslich sponsore ich ja auch das Debian Paket zu deren autodock suite :)

Neu ist, dass die Debian und Ubuntuaner hinter den BOINC Paketen nun gemeinsam an den Paketen arbeiten, dies also buchstäblich im selben Repository. Mit dem Debian Derivatives Frontdesk, eine Art Kontaktbörse für die Entwickler der verschiedenen Platformen, hatte dies allerdings nichts zu tun. Ist doch schön, wenn das alles auch so klappt :)

Debian kann mit GENtle nun Gene klonieren

"Klonieren" klingt gefährlich, doch geht es bei diesem vielfältigst genutzten Begriff in diesem Fall lediglich um ein Kopieren eines Teilabschnitts unserer DNA. GENtle kann tatsächlich auch noch mehr, so etwa das Schneiden oder Zusammenfügen solcher Konstrukte vorausdenken. Im Labor geschieht dies oft, d.h. immer dann, wenn man das fertige Konstrukt noch nicht kaufen kann, also insbesondere in der Foschung.

Das Programm GENtle (http://gentle.magnusmanske.de/) ist eines der wenigen freien Programme hierzu und seit wenigen Minuten in unstable. Mal sehen, was popcon.debian.org hierzu sagen wird. Einige wenige Molekularbiologen mit Debian oder Ubuntu kenne ich persoenlich, sicherlich koennten es noch einige mehr werden. Hierbei geht es nicht so sehr um die gern gesehene Verdrängung anderer Betriebssysteme, sondern um eine Form des Miteinanders und des Austausches von Methoden, die sich in solchen Programmen widerspiegelt. Debian's community kann allein als Medium für den Austausch solcher Gedanken bereits viel Gutes tun. Abwarten.

Präsentation von Blutzuckerwerten mit Debian und R

Naja, der Link zu Debian hinkt ein wenig, außer dass diese Präsentationsarbeit mir inzwischen mehrere Wochenenden genommen hat, die ich ansonsten u.a. hätte mit Debian-Paketierung verbringen können. Jedenfalls gibt es nun ein Paket für die Statistik-Software R (Debian: apt-get install r-base-core), mit dem die in Diabetes-Tagebüchern eingetragenen Werte besser präsentiert werden (denke ich) als irgendwo anders. Da jeder 1000ste bis 100ste Debian-Nutzer wohl selber etwas mit Diabetes zu tun hat, und noch mehr Debian-Anwender einen Diabetiker in ihrer engen Verwandtschaft haben werden, poste ich dies hier einfach mal und bitte um Kommentare zu meinem Diabetes R Paket. Es ist als "sugaR" nun Teil des CRAN. Ich habe ziemlich viel Arbeit in die Paket-Beschreibung (vignette) gesteckt, die auch erklärt, wir Ihr etwas zur Entwicklung beitragen könnt, wenn Ihr das wollt. Das Auschecken solle mit svn co svn://svn.debian.org/svn/pkg-escience/r-cran-sugaR/ direkt möglich sein, hierzu ggf. zuvor ein apt-get install subversion ausführen.

BioJava kommt zu Debian

Kennt jemand die Java Bytecode Bibliothek? Es unterstützt ein sehr maschinennahes Programmieren mit Java und ist schon sehr chic. In Debian ist es seit geraumster Zeit. Entstanden ist diese Bibliothek (so verstand ich es wenigstens) bei der effizienten Implementation von Hidden Markov Modellen für die Analyse biologischer Sequenzen. Bytecode ist damit eine Art offspring der BioJava Community.

Seit wenigen Stunden liegt nun auch BioJava selbst in der new queue des Debian Projektes. Wer auf das Erreichen der offiziellen Debian server nicht warten möchte - das kann durchaus noch 4+ Wochen dauern und wenn ein zu gravierender Fehler gefunden werden sollte, dann auch noch deutlich länger - der ist herzlichst eingeladen, beim pkg-escience Alioth Projekt sich die Informationen für ein Selbstbau des Paketes zu besorgen.

Update: Das BioJava Paket ist nun Teil von Debian und wird verwaltet über Debian-Med.

Medizinisch-/Bioinformatisches Rechnen mit Amazon

Eigentlich müsste der Titel dieses Eintrags ja "beliebiges Rechnen" mit Amazon heißen, doch dann wäre hierfür ja kein Platz in diesem Blog. Ich machte mir selber das Weihnachtsgeschenk, Amazons Elastic Compute Cloud (EC2) einmal selber auszuprobieren. Hierzu erstellte ich ein Debian Chroot mit den Paketen aus Debian-Med, verwandelte es mit einer bei LinuxConfig.org gefundenen Anleitung in ein Amazon Machine Image (AMI), und konnte mich erfolgreich in dessen Instanz einloggen.

Das klappte derart problemlos, dass ich nun noch ein wenig sprachlos bin. Bei alestic.com, organisiert in google groups (für Debian und Ubuntu), tummelt sich eine lebhafte Community für die Nutzung von Amazon's services durch und mit Debian/Ubuntu. Das dort vorgestellte Build script (ec2ubuntu-build-ami.notlong.com) ist auch noch eine Runde besser als das von LinuxConfig.org beschriebene Vorgehen.

Die Herausforderung ist nun, das Debian-Med AMI sowohl mit den biologischen Daten kompatibel zu wissen, die Amazon bereits kostenlos anbietet, als auch eine Parallelisierung der jobs darauf zu verwirklichen. Schließlich ist die so grosse compute power das, weswegen wir diese Amazon-Rechner uns wünschen. Und wir möchten nicht gern jedes mal die fehlenden Pakete darauf installieren, wenn wir mehrere 100 Instanzen gleichzeitig starten. Mal umhören, wie dies die anderen alle so lösen.

Dockian

Besonders "tangible" sind Protein-Strukturen. Debian (und bald auch Ubuntu) bietet nun einen Satz von Paketen an zu einer Entwicklungs aus dem kalifornischen Scripps Institut, "AutoDock" mitsamt der "AutoDockTools", die die Stärke und Lokalisation der Bindung eher kleinerer beweglicher chemischer Substanzen zu eher großen unflexiblen simulieren.

Die Installation dieser Software war bislang eher diffizil. Die nun verfügbaren Pakete sollten die Adaption dieser Programme in der Community der Molekularbiologen und Biochemiker vorantreiben. Man darf gespannt sein. Mehr steht auf http://wiki.debian.org/AutoDock. Die PopCon-Statistiken von Ubuntu+Debian berichten von zusammen einer kleinen dreistelligen Anzahl von Installationen.

Eine nicht unwesentliche Motivation zur Paketierung von AutoDock ist die dadurch vereinheitlichte Installation auf den verschiedensten UNIX/Linux Platformen. Fehler können so besser lokalisiert werden. Aber es könne auch Programme zur Vorbereitung oder Auswertung des Dockings leichter erstellt werden. Damit wird AutoDock auch direkt auf den verschiedenen Grid Platformen einsetzbar. Da jeder Ligand einzeln betrachtet werden kann, bedarf es auch keiner Anstrengung für eine parallele Abarbeitung. Bei Interesse bitte dasselbige kundtun auf der Diskussions-Liste des NorduGrid.