Tangible Computational Biology

2011-11-30T14:44:00.001-08:00

Debian Med und Bio-Linux veranstalten einen gemeinsamen "Sprint" fuer ein gemeinsames Lösen von bekannten Problemen und dem Beschreiben von neuen. Unsere Veranstaltungsseite ist http://wiki.debian.org/DebianMed/Meeting/Southport2012. Wir sind schon mehr oder minder "voll" wie in "der Frühstücksraum des Hotels fasst nicht mehr Leute". Aber 2-3 können wohl noch kommen.

Dieses Jahr findet insbesondere auch ein ganztägiges Tutorial durch die Firma SciEngines zum FPGA computing statt. Das wird richtig spannend, denke ich. Die Kunst wird sein, die Community von dem Gewinn durch FPGA acceleration zu überzeugen. Wenn alles gut läuft, so kommt damit die dann auf bislang ungedachte Ideen und die Technologie erlebt einen ähnlichen Höhenflug wie aktuell die OpenCL oder CUDA GPU Programmierung. Nur noch schneller soll es bitte sein. Und ganz sicher wird es deutlichst energieeffizienter. Ich bin mir nicht so ganz supersicher, dass programmierte hardware more tangible ist als Software - vielleicht ein wenig. Ich freue mich jedenfalls - auf das Tutorial und einen allgemeinen Trend zur Beschleunigung über die CPU-eigene hinaus.

Ansonsten wird der Sprint einige Leute zusammenführen, die bislang noch nicht so lang so eng zusammensaßen. Wir haben insbesondere eine recht dicht gepackte Skill-Liste zusammen von der Sequenz-Bioinformatik in Reinstform über alle Graustufen bis hin zur Struktur-Bioinformatik. Wir haben viel davon nun bereits in Debian - so etwa Ensembl, Jalview und die tools von PredictProtein. STRAP und genometools.org schaffen wir vielleicht nicht rechtzeitig bis zum Sprint, aber wohl fast. Auch in Richtung Systembiologie wird einiges geschenen. Aber ein erreichbareres Ziel ist vielleicht zunaechst eine Integration dieser Neuankömmlinge mit dem Workflow Tool Taverna.

Mein besonderer Dank gilt denjenigen, die die Amazon links nutzten. Das vergangene Jahr brachte insgesamt 29 Euro - und davon sind 6,90 von unserem Hundefutter und irgendwer hat offenbar allein im September richtig viel über den Link bestellt. Ich werde diesen Betrag zur Unterstützung des Sprints verwenden. An Gelegenheit dazu wird es nicht fehlen.

2011-09-03T16:37:00.000-07:00

Debian führt seit einigen Jahren das Paket AutoDock. Zur Verfollständigung des BOINC Server Projektes schaute ich nun nochmal vermehrt nach gescheitem Input für AutoDock und wurde fündig bei einer Aktion des WorldCommunityGrid Projektes FightAids@Home, das eben auch mit diesem Werkzeug arbeitet. Dort hat man verständliche Teilmengen der ZINC Datenbank in vorprozssierter Form abgelegt. So hat man etwa auf einen Schlag Zugriff auf alle von der FDA bereits zugelassenen Wirkstoffe.

Für diesen Datensatz ist es nicht gar so nötig, doch hat Debian seit ein paar wenigen Wochen das Werkzeug getData. Und na klar wollte ich das hierfür ausprobieren. Ich bereite also ein Ergänzungspaket für AutoDock und AutoGrid vor, das insbesondere nun eine Abhängigkeit von getData hat und eine Entsprechende Erweiterung des Wissens von getData in /etc/getData.conf.d/autodock-zinc.getData steckt.

Man kann sich nun das Anschauen


$ getData --list | grep zinc

zinc_natural_products

zinc.pdbqt.asinex                                       ZINC - PDBQT formatted – asinex

zinc.pdbqt.chembridge_buildingblocks_pdbqt_1000split    ZINC - PDBQT formatted – chembridge_buildingblocks_pdbqt_1000split

zinc.pdbqt.drugbank_nutraceutics                        ZINC - PDBQT formatted – drugbank_nutraceutics

zinc.pdbqt.drugbank_smallmol                            ZINC - PDBQT formatted – drugbank_smallmol

zinc.pdbqt.fda_approved                                 ZINC - PDBQT formatted – fda_approved

zinc.pdbqt.human_metabolome_pdbqt_1000split             ZINC - PDBQT formatted – human_metabolome_pdbqt_1000split

zinc.pdbqt.otava                                        ZINC - PDBQT formatted – otava

zinc.pdbqt.zinc_natural_products                        ZINC - PDBQT formatted – zinc_natural_products

und eben auch per Knopfdruck installieren. Und ganz Nebenher wird nun das AutoDock binary auch noch schneller, da g++ 4.6 inzwischen angekommen ist und damit auch die link time optimisation.

Es gibt noch sehr viele freie Programme die das DebiChem team oder (na klar) auch Debian Med gern für die weitere Bearbeitung der Rezeptoren oder dieser Liganden in Debian sehen würde. Wenn jemand die freie Kapazität hätte, sich hier als Maintainer zu betätigen, so wärte das sehr hilfreich. Ziel ist die weitere Komplettierung von Workflows in der computational biology. Bitte melden. Auch interessieren mich Ideen für den Einsatz von getData und dessen Weiterentwicklung.

BOINC+AutoDock+Debian ... Walk-Through für eigene BOINC Projekte

2011-08-27T07:43:00.000-07:00

Es ist ja ein wenig frustig. Die Anzahl der BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) Installationen stagniert. Die Projekte verzeichnen allesamt einen Rückgang der Teilnehmerzahl (boincstats.com). Woran das liegt? Vielleicht an einer zunehmenden Anzahl von laptops? Die Rechenleistung steigt zwar weiterhin, aber wegen der technischen Entwicklung.

Für Rechencluster, die eine übersichtliche Menge von sich regelmäßig verbesserten Anwendungen nutzen, ist BOINC einer super Alternative sogar zu regulären batch systems wie Torque oder die Sun Grid Engine. Schliesslich muss man sich nach einer initialen Installation von BOINC um nichts mehr kümmern. Updates und Architektur-Abhängigkeiten lösen Server und Client alleine. Und dies macht BOINC auch für diejenigen interessant, die gar keine eigene Recheninfrastrukur haben.

Auf wiki.debian.org/BOINC/ServerGuide gibt es nun eine recht komplette Einführung in die Nutzung von BOINC mit sogenannten legacy Anwendungen. Gemeint sind damit solche, die von dem BOINC API nichts wissen. Man benötigt hierfür einen Wrapper. Neben den Beispielprogrammen haben wir (mein 2011 Google Summer of Code Student Dhananjay und ich) insbesondere das molekulare Docking als biochemische Anwendung im Auge gehabt. Wie verständlich ist das ganze? Es sollte von einem versierten Schüler oder einem Informatik Studi in den ersten Semestern alles hinzubekommen sein. Kommentare bitte hierher, direkt an die Wiki Seite oder an mich. Danke.

Bioinformatik Hardware

2011-08-13T16:28:00.000-07:00

Die Sequenz-Bioinformatik sah bereits in den späten 90ern, als 12 CPUs in einer Maschine noch etwas Besonderes waren und wegen 80 GB Festplattenplatz man in Aufregung verfiel, den direkten Support durch sündhaft teure aber sehr schnelle Hardware. Das waren entweder ASICs oder FPGAs. Seit damals gibt es
TimeLogic
ParaCell
und neu dazu sind gekommen
StoneRidge
SciEngines (aus Kiel)
AcceleratedDataConcepts (auch in der Struktur-Bioinformatik aktiv)
CLCbio (aus Aarhus, kümmern sich liebevoll um den Biologen als Ganzes)
Convey
die vergessenen trage ich nach ...
Das buzzword dazu ist "application acceleration". Die Konkurrenz zu den FPGAs sind die GPUs, von denen man meint, sie ja sowieso schon mitgekauft zu haben.

Nun, die FPGA Programmierung will ich lange schon erlernen. Mich hat bislang vor einer entsprechenden Investition insbesondere meiner Zeit gerettet, dass beinahe alles in dieser Richtung mit Windows geschieht. Und Windows habe ich nicht. Der Linux support bessert sich allerdings allmählich. Tatsächlich bietet insbesondere Xilinx seit langem auch eine Linux-Variante ihrer Entwicklungsumgebung an [1,2]. Ich sollte auch die OpenGraphicsCard und die drumherum erhältlichen Software tools erwähnen [3].

Aber wenn man Logiken auf den FPGAs programmiert, so will man die sich auch mit einem logic analyser betrachten können. Und wer da Consors oder ELV aufschlägt, findet nichts mit Linux. Aber nun passierten zwei Dinge:

beim doodlen im web stieß ich auf den Open Workbench Logic Sniffer, den Logic Analyser als Open Source Projekt für 50 Dollar [4]
bei der Suche nach FPGA und Linux bei Ebay fand ich ein Angebot von der ZTEX GmbH [5]

Nun. Den Logic Analyser habe ich gleich bestellt. Nach vier Wochen oder so war der dann auch da. Und hättte ich genauer gelesen, hätte ich auch gleich die Kabel dazubestellt. Die waren dann etwas schneller. Die Software dazu habe ich dann auch gleich für Debian gepackt [6]. Funktionierte ... aber spannende Signale, hm, die bekäme ich vom FPGA.

Von ZTEX wurde ich hervorragend beraten. Die verticken nicht nur, die entwickeln auch. Und freundlich sind sie zudem noch, geben gar Rabatte für Open Source Entwickler. Im Herbst, wenn die Sonne abends nicht mehr scheint, soll mein Einstieg in die FPGA Welt stattfinden.

[1] http://www.linuxjournal.com/article/6857
[2] http://xilinx.wikidot.com/
[3] http://wiki.opengraphics.org
[4] http://www.seeedstudio.com/depot/open-workbench-logic-sniffer-p-612.html
[5] http://www.ztex.de
[6] http://packages.qa.debian.org/s/sump-logicanalyzer.html

BOINC 6.12(.22) in Testing

2011-04-25T13:58:00.000-07:00

Die Debian Pakete zur BOINC 6.12.X Reihe, upstream's development tree, hingen bislang stets mit dem gleichen Fehler bei den build daemons zu kfreebsd-{i386,amd64}. Das war zunächst auch ganz recht so, schließlich wurde aktiv an dem Paket noch geschraubt und das Paket kam gerade erst aus experimental herüber. Aber mit zunehmender Zufriedenheit sollte doch auch testing das neuere BOINC sehen. Aber wie den FTBFS korrigieren?

Nach viel Denken und Greppen konnte ich keinen Fehler feststellen. Nachfragen auf debian-devel und der Suche nach einem kfreebsdler, der einem vielleicht spontan zur Seite springt, ergaben nichts. Der Zugriff auf die Developer Maschinen blieb mir versagt, da mein ssh key update dort nicht ankommen wollte. Also baute ich die kfreebsd-Y Pakete auf lokalen virtuellen kfreebsd Installationen. Das war nicht sonderlich flott, aber funktionierte - die Pakete bauten, auf squeeze wie auf unstable. Das war dann wohl ein buildd Problem. Argerlich dabei ist selbstredend die Zeit, die dieses Selberbauen kostete.

Nun ist also BOINC 6.12.22 (PTS) in testing und 6.12.25, mit einem Fix für die Erkennung der GPU als coprozessor, wurde zu den buildds geschickt. Upstream war auch so freundlich, ein FTBFS auf HURD zu korrigieren, obwohl es wohl so bald keine BOINC Projekte auf HURD geben wird; also nur für uns. Falls jemand BOINC unter HURD oder auch kfreebsd nutzt, bitte ich um eine Zusammenfassung der jeweiligen Erfahrungen. Man darf gespannt sein.

Update [12.6.2011]: Seit 6.12.32 gibt es nun BOINC auch auf HURD (build logs). Die kfreebsd buildds bauen noch immer nicht - oder nicht immer.

Update [21.6.2011]: Alles ist nun gut.

Update [3.1.2012]: BOINC 7.0.7 ist nun in Debian. Die Erkennung der GPUs funktioniert hervorragend, Erläuterungen für die Konfiguration von OpenCL mit AMD Stream sind hier, solche für CUDA mit NVidia Karten sind hier. Naja, die NVidia Erläuterungen könnten auf die für CUDA noch zu installierenden Pakete ein wenig mehr eingehen.

Debian Med hat nun einen Blog

2011-04-19T08:53:00.000-07:00

Auf http://debianmed.blogspot.com/ gibt es nun einen Blog für diverse Notizen rund um Debian's Pakete zur Bio- und Medizininformatik. Dank an Will für den Stimulus.

CRAN, BioConductor, Debian, gibt's nun auch zusammen.

2011-02-11T15:02:00.000-08:00

Es gibt das diese nicht nur bei Bioinformatikern beliebte Sprache R, mit
der man ohne es wirklich zu merken plötzlich funktional programmiert
und statistische Probleme löst. Hierzu gibt es weit über 2000
Pakete (Bibliotheken) im CRAN (aufgebaut in Analogie zu Perl's CPAN) und excellente bioinformatische Lösungen bei BioConductor mit nochmal über 1000 Bibliotheken und Datensammlungen.

Mehrere Gruppen habe bereits Ansätze, diese Umgebung fü Linux Distributionen verfügbar zu machen. Hier nun für Debian's amd64 Umgebung eine weitere, und vielleicht die erste mit BioConductor. Für eine Nutzung mit Debian, die folgende Zeile bei /etc/apt/sources.list mit angeben, apt-get update und die Pakete sind verfügbar. Dies sollte die Systemadministration bei vielen Unis erleichtern, aber hoffentlich insbesondere auch an Schulen oder unter den Privatpersonen eine höhere Anzahl von Nutzern dieser Bibliotheken zur Folge haben.

deb http://master.dermacloud.uni-luebeck.de/cran2deb/rep testing main

Mich interessiert nun primär, wie Ihr ein solches Repository nutzen wolltet. Sollte es Teil von BioConductor/CRAN sein? Oder Teil von Debian? Wie wichtig ist die Beschreibung der Pakete. Gebaut wurden sie allesamt automatisch mit cran2deb, d.h. jedes Paket mit den dazu passenden Abhängigkeiten in Debian. Die Beschreibungen der Pakete sind direkt denselbigen der R Pakete entnommen. Würden alle mitziehen, Verbesserungen zu den Texten den Autoren zu schicken, um allmählich die Güte der Paketierung den regulären Paketen Debians anzupassen? Wie aktuell müssen die Pakete sein? Ist eine Anbindung an Debian hilfreich? Benutzten viele die Bibliotheken auf ARM und anderen weniger häufigen Platformen? Meldet Euch mal.

Die Pakete sind signiert mit diesem GPG Schlüssel:

pub   4096R/CD2AB519 2011-01-31 [expires: 2016-01-30]
     Key fingerprint = 4DEC 8FEF E7B9 926B 9720  CAEA 1672 CF4C CD2A B519
uid                  Debian Med cran2deb 
sub   4096R/D4D62F0C 2011-01-31 [expires: 2016-01-30]

Hin zu BOINC-Server als Debian Paket mit verbesserter Anleitung zur Paketierung mit git

2011-01-04T01:53:00.001-08:00

Einige werden BOINC bereits kennen, diese Infrastruktur zum verteilten Rechnen. Es nutzen diese das Scripps Institut mit Hilfe von IBM im WorldCommunityGrid, ein Max-Planck-Institut bei Einstein@Home und freilich auch SETI@Home, die Autoren der freien Software.
Was nun, so frage ich mich, würde sich ändern, wenn die Verfügbarkeit dieser Technologie nun so groß wird, dass Firmen diese für lokale Projekte einsetzen können? Es müssten die Kosten Rüstzeiten, also insbesondere die Einarbeitungszeit der Mitarbeiter und die Portierung der Anwendung auf die Architekturen der Client Rechner, deutlich kleiner werden als die Beschaffung und das Maintenance eines lokalen Clusters oder der Nutzung von Maschinen in einer Cloud.

Nun habe ich keine Idee, ob das wirklich zu schlagen ist. Und ich weiss auch nicht, ob dieser Ansatz nun der bestmögliche ist, aber für mich ist er naheliegend: eine Linux Distribution sollte ein Server Paket anbieten. Die Portierung muss zwar weiterhin geleistet werden, aber eine initiale Hürde wird damit vielleicht bei der einen oder anderen Gelegenheit genommen.

Debian Experimental hat es nun bereits, ein Debian Paket mit dem BOINC Server. Das Faszinierende an diesem Paket ist, dass es eigentlich gar keines ist, schließlich stellt es gar keine eigene Server Funktionen zur Verfügung. Es sollte dieses Paket vielmehr heissen "BOINC Server Maker", denn es kopiert die wesentlichen Dateien über das Skript "make_project" in ein separates Verzeichnis. Und dieses Verzeichnis dann kann zusammen mit Apache, MySQL, Perl und PHP dann als BOINC Server funktionieren. Das BOINC-Server Paket selbst kann anschließend wieder gelöscht werden - könnte.

Es existiert nun eine neue Seite (http://wiki.debian.org/BOINC/ServerGuide) auf dem Debian Wiki zur Beschreibung des Aufbaus eines BOINC Servers mit Debian. Sie wurde initiiert von chalet16, einem von Debian's Google code-in Studis. Wenn es auch alles noch nicht so ganz so fertig ist, das Paket ist nicht umsonst erst noch in der experimental Sektion von Debian, so gibt die Beschreibung doch einen guten Überblick über die notwendigen einzelnen Schritte.

Debian ist eine sehr offene Linux Distribution. Sie lädt zum Mitmachen ein, daher schließlich auch das Engagement für all die Google Summer of Code und nun auch Code-In Initiativen. Und damit das Mitmachen einfacher wird, gibt es auch diverse Anleitungen. Eine gewisse Hürde stellt für viele das System zur Verwaltung des Source Codes dar. Die BOINC Paketierer nutzen git und wie das geht, ist beschrieben auf http://wiki.debian.org/BOINC/Development/GitUsage. Die Hoffnung ist, dass sich insbesondere jüngere Geister angesprochen fühlen, die Pakete, den upstream code, oder die Beschreibungen auf dem Wiki zu perfektionieren.

Apibaso Datensatz nun bei Flattr bekanntgegeben

2010-08-16T12:59:00.000-07:00

Man fühlt eine gewisse Blamage, wenn sich (so wie bislang nach 5 Stunden) nicht eine Seele für seinen Datensatz interessiert. Jedenfalls könnt Ihr mir nun via Flattr.com ein paar Pfennige zukommen lassen. Dazu müsstet Ihr nur erklären, dass Euch mein Datensatz zu apikal-basolateral unterschiedlich verteilten Membranproteinen gefällt.

Wie Ihr vielleicht ahnt, freue ich mich über die Anzahl von Eyeballs wohl noch mehr als über die eh nicht allzu üppig zu erwartenden Euro.

Ungenutzte Idle time der Wissenschaft spenden

2010-07-25T12:40:00.000-07:00

Inzwischen haben aktuelle Prozessoren alle so viel power, dass wir alle davon wenigstens während der üblichen Bürotätigkeiten den weit überwiegenden Teil davon entbehren können. Wenn also noch etwas im Hintergrund mitläuft, so merken wir dies gar nicht.

Mit BOINC (boinc.berkeley.edu) wird einem die Suche nach einem an der eigenen CPU interessierten Wissenschaftlers abgenommen. Debian gestaltet die Installation besonders einfach, d.h. mit
apt-get install boinc und dann boincmgr kann man spielend leicht Teil eines solchen internationalen Projektes werden. Ich selber helfe dem BOINC Projekt www.worldcommunitygrid.org und darin FightAids@Home des Scripps Institutes in Kaliformien - na klar, schliesslich sponsore ich ja auch das Debian Paket zu deren autodock suite :)

Neu ist, dass die Debian und Ubuntuaner hinter den BOINC Paketen nun gemeinsam an den Paketen arbeiten, dies also buchstäblich im selben Repository. Mit dem Debian Derivatives Frontdesk, eine Art Kontaktbörse für die Entwickler der verschiedenen Platformen, hatte dies allerdings nichts zu tun. Ist doch schön, wenn das alles auch so klappt :)

Debian kann mit GENtle nun Gene klonieren

2010-06-13T14:57:00.000-07:00

"Klonieren" klingt gefährlich, doch geht es bei diesem vielfältigst genutzten Begriff in diesem Fall lediglich um ein Kopieren eines Teilabschnitts unserer DNA. GENtle kann tatsächlich auch noch mehr, so etwa das Schneiden oder Zusammenfügen solcher Konstrukte vorausdenken. Im Labor geschieht dies oft, d.h. immer dann, wenn man das fertige Konstrukt noch nicht kaufen kann, also insbesondere in der Foschung.

Das Programm GENtle (http://gentle.magnusmanske.de/) ist eines der wenigen freien Programme hierzu und seit wenigen Minuten in unstable. Mal sehen, was popcon.debian.org hierzu sagen wird. Einige wenige Molekularbiologen mit Debian oder Ubuntu kenne ich persoenlich, sicherlich koennten es noch einige mehr werden. Hierbei geht es nicht so sehr um die gern gesehene Verdrängung anderer Betriebssysteme, sondern um eine Form des Miteinanders und des Austausches von Methoden, die sich in solchen Programmen widerspiegelt. Debian's community kann allein als Medium für den Austausch solcher Gedanken bereits viel Gutes tun. Abwarten.

Präsentation von Blutzuckerwerten mit Debian und R

2009-05-04T03:37:00.000-07:00

Naja, der Link zu Debian hinkt ein wenig, außer dass diese Präsentationsarbeit mir inzwischen mehrere Wochenenden genommen hat, die ich ansonsten u.a. hätte mit Debian-Paketierung verbringen können. Jedenfalls gibt es nun ein Paket für die Statistik-Software R (Debian: apt-get install r-base-core), mit dem die in Diabetes-Tagebüchern eingetragenen Werte besser präsentiert werden (denke ich) als irgendwo anders. Da jeder 1000ste bis 100ste Debian-Nutzer wohl selber etwas mit Diabetes zu tun hat, und noch mehr Debian-Anwender einen Diabetiker in ihrer engen Verwandtschaft haben werden, poste ich dies hier einfach mal und bitte um Kommentare zu meinem Diabetes R Paket. Es ist als "sugaR" nun Teil des CRAN. Ich habe ziemlich viel Arbeit in die Paket-Beschreibung (vignette) gesteckt, die auch erklärt, wir Ihr etwas zur Entwicklung beitragen könnt, wenn Ihr das wollt. Das Auschecken solle mit svn co svn://svn.debian.org/svn/pkg-escience/r-cran-sugaR/ direkt möglich sein, hierzu ggf. zuvor ein apt-get install subversion ausführen.

BioJava kommt zu Debian

2008-12-31T11:57:00.000-08:00

Kennt jemand die Java Bytecode Bibliothek? Es unterstützt ein sehr maschinennahes Programmieren mit Java und ist schon sehr chic. In Debian ist es seit geraumster Zeit. Entstanden ist diese Bibliothek (so verstand ich es wenigstens) bei der effizienten Implementation von Hidden Markov Modellen für die Analyse biologischer Sequenzen. Bytecode ist damit eine Art offspring der BioJava Community.

Seit wenigen Stunden liegt nun auch BioJava selbst in der new queue des Debian Projektes. Wer auf das Erreichen der offiziellen Debian server nicht warten möchte - das kann durchaus noch 4+ Wochen dauern und wenn ein zu gravierender Fehler gefunden werden sollte, dann auch noch deutlich länger - der ist herzlichst eingeladen, beim pkg-escience Alioth Projekt sich die Informationen für ein Selbstbau des Paketes zu besorgen.

Update: Das BioJava Paket ist nun Teil von Debian und wird verwaltet über Debian-Med.

Medizinisch-/Bioinformatisches Rechnen mit Amazon

2008-12-26T00:42:00.000-08:00

Eigentlich müsste der Titel dieses Eintrags ja "beliebiges Rechnen" mit Amazon heißen, doch dann wäre hierfür ja kein Platz in diesem Blog. Ich machte mir selber das Weihnachtsgeschenk, Amazons Elastic Compute Cloud (EC2) einmal selber auszuprobieren. Hierzu erstellte ich ein Debian Chroot mit den Paketen aus Debian-Med, verwandelte es mit einer bei LinuxConfig.org gefundenen Anleitung in ein Amazon Machine Image (AMI), und konnte mich erfolgreich in dessen Instanz einloggen.

Das klappte derart problemlos, dass ich nun noch ein wenig sprachlos bin. Bei alestic.com, organisiert in google groups (für Debian und Ubuntu), tummelt sich eine lebhafte Community für die Nutzung von Amazon's services durch und mit Debian/Ubuntu. Das dort vorgestellte Build script (ec2ubuntu-build-ami.notlong.com) ist auch noch eine Runde besser als das von LinuxConfig.org beschriebene Vorgehen.

Die Herausforderung ist nun, das Debian-Med AMI sowohl mit den biologischen Daten kompatibel zu wissen, die Amazon bereits kostenlos anbietet, als auch eine Parallelisierung der jobs darauf zu verwirklichen. Schließlich ist die so grosse compute power das, weswegen wir diese Amazon-Rechner uns wünschen. Und wir möchten nicht gern jedes mal die fehlenden Pakete darauf installieren, wenn wir mehrere 100 Instanzen gleichzeitig starten. Mal umhören, wie dies die anderen alle so lösen.

Dockian

2008-12-22T08:09:00.000-08:00

Besonders "tangible" sind Protein-Strukturen. Debian (und bald auch Ubuntu) bietet nun einen Satz von Paketen an zu einer Entwicklungs aus dem kalifornischen Scripps Institut, "AutoDock" mitsamt der "AutoDockTools", die die Stärke und Lokalisation der Bindung eher kleinerer beweglicher chemischer Substanzen zu eher großen unflexiblen simulieren.

Die Installation dieser Software war bislang eher diffizil. Die nun verfügbaren Pakete sollten die Adaption dieser Programme in der Community der Molekularbiologen und Biochemiker vorantreiben. Man darf gespannt sein. Mehr steht auf http://wiki.debian.org/AutoDock. Die PopCon-Statistiken von Ubuntu+Debian berichten von zusammen einer kleinen dreistelligen Anzahl von Installationen.

Eine nicht unwesentliche Motivation zur Paketierung von AutoDock ist die dadurch vereinheitlichte Installation auf den verschiedensten UNIX/Linux Platformen. Fehler können so besser lokalisiert werden. Aber es könne auch Programme zur Vorbereitung oder Auswertung des Dockings leichter erstellt werden. Damit wird AutoDock auch direkt auf den verschiedenen Grid Platformen einsetzbar. Da jeder Ligand einzeln betrachtet werden kann, bedarf es auch keiner Anstrengung für eine parallele Abarbeitung. Bei Interesse bitte dasselbige kundtun auf der Diskussions-Liste des NorduGrid.

Hallo

2007-07-03T00:00:00.000-07:00

Eigentlich ist die Blog-Welle doch eher schon wieder vorbei, oder? Der Blog von Karl Broman stimulierte mich dazu, es auch einmal damit zu probieren, wenn mein level of detail auch vergleichsweise oberflächlich sein wird. Ich dachte daran, über den Blog all diejenigen Aktivitäten zu beschreiben, die bislang nicht als Publikation erschienen sind, es (noch) nicht auf die News-Seiten von {pkg-escience,pkg-boinc}.alioth.debian.org schaffen, oder als fertiges Paket bei Debian-Med erreichbar wären. Das tangible im Titel bezieht sich auf die Software als anfassbare (na ja) Implementation einer biologischen Idee oder eine solche Datensammlung. Ich muss gleich mal nach den Blogs mit all den Namen schauen, die mir verwehrt wurden...